Но поэтом, художником Ефремов был недолго. В его сочинениях возобладал философ, историк (автор исторических романов «На краю Ойкумены», 1949 г.; «Таис Афинская», 1973; и др.), а поэту пришлось отступить.

В 1958 г. вышел его роман-утопия «Туманность Андромеды». Это фантастическое сочинение похоже на учёный труд. Автор попытался подробно описать будущее, которое вырастет из социализма. Каждая глава романа похожа на раздел в монографии (произведении, посвящённом исследованию одной научной проблемы): здесь об искусстве будущего, здесь о космических полётах, здесь о том, какие сохранятся к тому времени преступления и как их научатся пресекать, а здесь — из чего будет состоять образование и воспитание детей... Во всей русской и советской литературе нет примера более масштабной и более фундаментальной утопии. Но уже через три десятилетия к «Туманности Андромеды» как к фантастическому роману был утрачен интерес, она стала памятником философской мысли.

С точки зрения Ивана Ефремова, жизнь во Вселенной должна развиваться по одному пути. Когда земляне встретят представителей иных цивилизаций, те не будут слишком сильно отличаться от землян ни физически, ни интеллектуально. Контакт возможен, и из него вырастет содружество — «Великое Кольцо». Этой идее посвящена ранняя повесть «Звёздные корабли» (1948 г.). Впоследствии Ефремов несколько раз возвращался к той же идее, в повести «Сердце Змеи (Cor Serpentis» (1959 г.) он даже заставил землян и неземлян раздеться, чтобы продемонстрировать друг другу довольно схожее строение тел.

Незадолго до смерти, в романе «Час Быка» (1970 г.), Ефремов предложил новую утопию — значительно более тонкую, чем «Туманность Андромеды». В последнем произведении писателя сталкиваются два общества: служители света и приверженцы тьмы. Но конфликт между ними ничуть не похож на битву социализма и капитализма. Это вечное противостояние двух начал, прошедшее через всю историю человечества и унаследованное далёким будущим. «Час Быка» во многом опирается на восточные религиозные и философские традиции. Автор подробно выстроил этику, философию и весь образ жизни идеального человека — человека света. Оппозиционная советская интеллигенция с жадностью впитывала идеи романа: в них виделся противовес официальной пропаганде и «советскому образу жизни».

Текст романа настолько сложен, до такой степени пронизан философскими и мифологическими отступлениями, что власти пропустили его в печать, видимо не разобравшись. Но быстро спохватились — запретили книгу и даже упоминания о ней. Этот запрет продержался полтора десятилетия.

Ефремов оказал огромное влияние на всю последующую русскую фантастику. Его имя до сих пор произносят с трепетом, почти как имя святого или классика. Критики спорят: осталась ли после его смерти особая «ефремовская школа». То одного, то другого литератора причисляли к ней. Самым известным «ефремовцем» считался фантаст Вячеслав Алексеевич Назаров (1935—1977).

В 90-х гг. ситуация в фантастике столь резко изменилась, что споры о «ефремовской школе» стихли сами собой. Авторитет Ивана Ефремова по-прежнему чрезвычайно высок. Но имя его окончательно переместилось из сферы фантастики в сферу философии.